2008年5月12日，四川省汶川县发生8.0级特大地震，造成大量水利设施不同程度受损，且因山体滑坡堵塞河道，形成多处堰塞湖，对下游老百姓生命财产构成了严重威胁。

面对危机情势，设计院迅速响应，抽调生产线上的精英，派出包括徐麟祥大师在内的100余名专家、技术骨干和工作人员，参加水利部抗震救灾四川、重庆、云南、湖北多路工作组，历时一个多月，完成了300多座震损水库、10余处堰塞湖、13座水电站的现场查险任务，编制完成了23座水库的应急除险方案，并为唐家山堰塞湖成功除险提供了强有力的技术支撑，做出了重大贡献。

全院共为汶川地震灾区捐款达300余万元，棉衣棉被200余套。

设计院获全国水利抗震救灾先进集体，杨启贵总工获全国抗震救灾模范，宁磊获全国三八红旗手，140余人获上级表彰。

2009年，设计院按照水利部的要求，又派出4名专家支援震区的灾害重建，现场工作也获得一致好评。