三峡工程蓄水以来，三峡库区不断加强水环境治理和生态修复工程。环保部门长期监测表明，近年来库区干流水质全部满足水域功能要求，库区水环境质量总体保持稳定。
重庆市环保局负责人介绍，重庆库区近年来以实施《三峡库区及其上游水污染防治规划》为重点，完成水污染治理项目累计投资１１２．５亿元，完成６５个工业项目污染整治，建成２８座城市污水处理厂和１６座城市垃圾处理场、１８座小城镇污水处理厂和１５座小城镇垃圾处理场。库区县城污水处理率和垃圾无害化处理率分别达到８３％和９２％，高于全国平均水平。
在生态修复方面，重庆库区还先后完成２条次级河流环境综合整治，８条次级河流纳入了整治规划。库区还实施了天然林资源保护、退耕还林、水土保持综合治理、库周绿化带等重点生态环境建设工程。完成退耕还林９２２．４万亩，公益林建设４７２万亩，库周绿化带建设造林１３２．３万亩，累积治理水土流失面积１．２万平方公里。
环保部门长期监测表明，长江、嘉陵江和乌江重庆段８个国家控制断面水质全部满足水域功能要求，重庆库区干流水质全部满足水域功能要求。三峡水库蓄水以来，库区水环境质量总体保持稳定。
